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La JEP imputó a exintegrantes de la fuerza pública como presuntos coautores del ataque sistemático contra la Unión Patriótica, calificado como genocidio. Entre los imputados están los generales retirados Iván Ramírez Quintero y Rito Alejo del Río Rojas. La Sala de Reconocimiento determinó que el ataque buscó destruir deliberadamente a la UP y renombró el Caso 06 como ‘Genocidio contra el partido político Unión Patriótica’. También calificó los hechos como crímenes de guerra y de lesa humanidad. Según la JEP, el genocidio dejó 8.924 víctimas, entre ellas 5.729 asesinadas o desaparecidas y 3.200 afectadas por otras violencias. El ataque alcanzó todos los niveles del partido, incluidos dos candidatos presidenciales, seis parlamentarios, 17 alcaldes y 165 concejales. La estigmatización de la UP como supuesto “brazo político de las Farc-EP” fue identificada como el primer mecanismo del ataque. El 70 % de los crímenes se concentró en regiones donde la UP tenía mayor fuerza electoral, especialmente Urabá, Meta y Magdalena Medio. Como evidencia de la estigmatización de la UP, de ser el supuesto brazo político de las extintas Farc-EP, la sala encontró, en los archivos de la antigua Brigada XX de inteligencia militar, un listado de 2.624 dirigentes y militantes de la UP etiquetados explícitamente como “UP-FARC”. El caso de Apartadó, en 1996, ejemplifica el patrón macrocriminal nacional, concentrando una de cada cuatro víctimas fatales registradas ese año.
