El 18 de octubre de 2012 se instaló la Mesa de Conversaciones, dando así inicio a la fase pública del proceso que se adelantaría en La Habana, con el objetivo de llegar a acuerdos sobre los seis puntos de la agenda. El 24 de agosto de 2016 se logró un primer Acuerdo Final, que fue firmado en Cartagena un mes después.
Esta fase se extendería formalmente desde el 19 de noviembre de 2012 hasta el 24 de agosto de 2016, cuando se consolida un primer Acuerdo Final. Durante este tiempo, las conversaciones se adelantaron a través de 51 Ciclos de conversaciones que lideraron los delegados plenipotenciarios de Gobierno y FARC-EP, y que involucraron también el despliegue, en paralelo, de subcomisiones para abordar temas como el fin del conflicto, el Enfoque de género o para la implementación de medidas de construcción de confianza en materia de desminado humanitario, actos tempranos de reconocimiento de responsabilidad, sustitución de cultivos, personas privadas de la libertad, pedagogía, entre otros.
Durante la fase pública las partes en La Habana recibieron la visita de cinco delegaciones de víctimas, de expertos y expertas en diferentes temas, de organizaciones sociales, de líderes y lideresas políticos, de delegados internacionales y de otros terceros que ayudaron a contextualizar, profundizar y generar propuestas sobre los distintos temas de la agenda. Mientras las conversaciones avanzaban en Cuba, en Colombia, donde la confrontación armada continuaba (a pesar de algunas medidas de desescalamiento), se desplegaron los diversos mecanismos de participación que contemplaba la Mesa para la ciudadanía (foros temáticos públicos, mecanismos virtuales y físicos para remitir propuestas a la Mesa, entre otros).