Con la refrendación del Acuerdo Final a través del Congreso de la República, inicia desde el 1º de diciembre de 2016 la Fase de implementación del Acuerdo y de todas las medidas previstas en el mismo. Dentro de los primeros hitos de la implementación se creó la Comisión de Seguimiento, Impulso y Verificación a la Implementación (CSIVI) y el Consejo Nacional de reincorporación (CNR) como instancias conjuntas de gobierno y FARC-EP para el seguimiento al proceso de implementación.
Para facilitar los primeros meses de implementación y brindar garantías sobre lo acordado, se aprobó el Acto Legislativo 01 de 2016 que creó algunos instrumentos jurídicos como el procedimiento legislativo especial para la paz, que simplificaba el trámite en el Congreso de las normas relacionadas con el Acuerdo o las facultades presidenciales para la paz que le permitían al Presidente de la República expedir decretos con fuerza de ley por un periodo de 6 meses. Así mismo, se construyó un Plan Marco de Implementación como herramienta de planeación que establecería la hoja de ruta de la implementación por un periodo de 15 años.
De igual forma, entre diciembre de 2016 y agosto de 2017 se llevó a cabo el proceso de cese al fuego definitivo y dejación de armas por parte de las FARC-EP que daría pasó al proceso de reincorporación a la vida civil de estas personas y la conformación de su partido político.
La entidad de gobierno encargada de coordinar e impulsar la implementación del Acuerdo Final sería la Alta Consejería para el Posconflicto – que se ha transformado desde entonces-. Varias entidades estarían llamadas también a cumplir roles activos frente a la ejecución de las medidas previstas en cada uno de los puntos del acuerdo, entre ellas, la Agencia para la Renovación del Territorio (ART), la Agencia Nacional de Tierras (ANT), el Ministerio del Interior, la Alta Consejería para la Seguridad Nacional, el Ministerio de Justicia; las tres entidades del Sistema Integral de Verdad, Justicia, Reparación y No Repetición, entre otras.