Como resultado de la agencia de representantes, líderes y lideresas de las organizaciones de los pueblos indígenas, negros, afrodescendientes, raizales y palenqueros, se acordó la incorporación de un capítulo étnico dentro del Acuerdo Final. El propósito de este capítulo era el de garantizar los derechos de estos pueblos en la Fase de implementación de lo acordado, asegurando que todas las medidas fueran consistentes con las instituciones, prácticas y culturas de estos, que hubiese un reconocimiento de los impactos diferenciados del conflicto armado en estas poblaciones, y de la necesidad de promover la satisfacción plena de sus derechos. Se establecieron como principios del enfoque étnico la libre determinación, la autonomía, el gobierno propio, la participación, la consulta y el consentimiento previo libre e informado, entre otros. Todo lo anterior considerando que los pueblos étnicos deben tener control de los acontecimientos que les afectan a ellos y a sus tierras, territorios y recursos manteniendo sus instituciones, culturas y tradiciones.
La construcción del capítulo étnico se produjo después de la recepción de propuestas por parte de las organizaciones étnicas durante la fase pública del proceso, y de varios encuentros en Bogotá y La Habana de estas organizaciones con ambas delegaciones. En el último ciclo de conversaciones, gracias al intenso trabajo de múltiples organizaciones étnicas y de los equipos negociadores, las partes lograron consolidar el texto de este capítulo, que recoge y garantiza la incorporación del enfoque étnico-territorial en la implementación de todos los puntos del Acuerdo Final. Para asegurar la incorporación del enfoque étnico dentro del proceso de implementación del Acuerdo Final, se creó la Instancia Especial de Alto Nivel con Pueblos Étnicos.