El Enfoque de género fue entendido como el reconocimiento de la igualdad de derechos entre hombres y mujeres, y de las circunstancias especiales de cada uno, particularmente de las mujeres y la población LGBTI como sujeto de derechos y de especial protección, independientemente de su estado civil, ciclo vital y relación familiar y comunitaria. El enfoque tiene la idea de garantizar medidas afirmativas para promover dicha igualdad, así como la participación activa de las mujeres y la población LGBTI en la construcción de la paz. Se hace un reconocimiento tanto de su victimización, como de los impactos desproporcionados y diferenciados que sufrieron estas poblaciones dentro del conflicto armado. Su inclusión fue posible gracias a la gestión y ardua labor de diferentes organizaciones, y con el compromiso de las partes, se logró no solo que la Mesa de Conversaciones contara con la participación activa de delegadas de ambos equipos negociadores, sino que además se creó una subcomisión de género en junio de 2014, que tendría la labor, de manera paralela a la Mesa de Conversaciones, de incorporar el enfoque de género en todos los acuerdos que alcanzaran las delegaciones hasta el final de las conversaciones.
Tras varios intercambios entre delegados de la Mesa y representantes de organizaciones de mujeres y de la comunidad LGBTI, en calidad de expertos y expertas, además de la recepción de propuestas de diferentes organizaciones de la sociedad civil, de la visita de la representante especial del secretario general de la ONU para la violencia sexual y de la visita de mujeres excombatientes, en julio de 2016 se realizó el lanzamiento público de los acuerdos alcanzados hasta esa fecha, que incorporaban el enfoque de género. Tras el proceso de refrendación y renegociación del acuerdo, algunos de los términos y medidas acordados fueron precisados y ajustados de manera que respondieran a algunos de los planteamientos desarrollados por sectores sociales que se opusieron al primer Acuerdo Final alcanzado.
Para asegurar la incorporación del enfoque de género dentro del proceso de implementación del Acuerdo Final, se creó la Instancia Especial de Mujeres para el Enfoque de Género, compuesta por delegados y delegadas de la sociedad civil.